1、甲基化测序种类

1、WGBS甲基化测序（全基因组甲基化测序）

2、RRBS甲基化测序

3、MeDIP甲基化测序

4、Human靶向甲基化测序

5、mRNA甲基化测序

2、各类甲基化测序的优势

1、WGBS甲基化测序（全基因组甲基化测序）

1） 全基因组范围内定量的分析甲基化位点

2） 单碱基分辨率

3） Bisulfite的转化效率达99％以上

2、RRBS甲基化测序

1） 直接针对酶切富集启动子区域以及CpG岛区域进行甲基化研究

2）DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率，有效增加了测序深度。

3）可以与单细胞测序技术结合，进行细胞细胞RRBS测序

3、MeDIP甲基化测序

1） 全转录组范围研究mRNA的甲基化位点

2） 通过抗体富集的方法，充分利用了抗体的灵敏性

3） 分析方法类似ChIP-seq，数据分析相对成熟

4、Human靶向甲基化测序

安捷伦SureSelect靶向序列捕获试剂盒优势

• 探针设计：cRNA探针长度>120bp，更有效捕获变异序列，比DNA探针更有效捕获DNA目标序列；仅需24小时杂交，3 μg起始量gDNA，将PCR所需循环数降至最低。

• 检测精度高：单碱基分辨率，精确分析每一个C碱基的甲基化状态。

• 效率高，耗时少：借助新一代高通量测序平台可检测除CpG岛外的shore and shelf ±4kb的范围区域，稳定可靠的液相靶向捕获测序技术。

罗氏SeqCap Epi甲基化富集试剂盒技术优势：

• 实验流程：先重亚硫酸盐处理后捕获，捕获后多样性高，重复性好。

• 探针生产：针对区段各种甲基化情况独立设计的探针确保所有甲基化位点的有效捕获。

• 双链捕获：与单链捕获相比双链捕获能提供多态性信息，提高甲基化分析的正确性。

• 定制设计：更关注于感兴趣的区域（DMR），或者非人类的甲基化，更多收获需要更少的样本起始量，低至1ug。

捕获试剂盒产品规格：

1. 目录产品

SureSelectXT Human Methyl-Seq（84M 区域）

捕获的区域通常包括CpG岛，Ensemble数据库中的调控元件，癌症组织特异的DMRs，ENCODE promoters，DNAsel超敏感位点，参考基因等。

SeqCap Epi CpGiant（80.5M区域）

包含了Illumina Infinium Human Mthylation 450K的所有甲基化位点及其附近的区域，覆盖了人类基因组上大于5.5 million个CpG位点。

2. 定制产品

安捷伦定制甲基化捕获区域分别有：（16个样本起订）1k-499k、0.5M-2.9M、3M-5.9M、6M-11.9M、 12M-24M

罗氏定制甲基化捕获区域有：

SeqCap Epi Choice Enrichment Kits（人类特定基因组定制设计）：小区域（ <30M），中等区域（30-60M），大区域（60-90M）；包装数：4,48,384

SeqCap Epi Developer Enrichment Kits（非人特定基因组定制以及超大区域的人类基因组）：小区域（ <30M），中等区域（30-60M），大区域（60-90M），超大区域（90-210M）；包装数：12,48,384

5、mRNA甲基化测序

表观遗传修饰不仅发生在基因组层面（DNA甲基化），同样在转录组层面也有表观修饰，并且其中重要的转录后调控功能。早在四十年前，人们就发现信使RNA上存在着腺嘌呤上的甲基化修饰（m6A）。这种m6A修饰非常普遍，出现频率大约是3-5个残基/mRNA。m6A甲基化修饰是可逆的，而且可能受到了动态调控。m6A的甲基化和去甲基化受到甲基化酶复合体METLE3，METLE14，WTAP和去甲基化酶FTO调控。m6A在人类和小鼠的转录组中非常保守，这说明这种修饰很可能具有重要的功能。m6A与mRNA剪切，生物钟调节，mRNA的稳定性相关。此外，m6A通过招募YTHDF2诱导mRNA从翻译中的核糖体转移到细胞质的P-body，并在那里被降解。而且mRNA的降解程度与其甲基化位点数有关。

对于mRNA甲基化的检测，目前采用：甲基化mRNA富集并结合高通量测序（MeRIP-Seq, m6A-specificmethylated RNA immunoprecipitation with nextgenerationsequencing）的方法。MeRIP -Seq的原理是：由于在哺乳动物中mRNA甲基化一般发生在腺嘌呤的第6位氮原子上，所以可通过特异性结合m6A抗体富集高甲基化的mRNA片段，并结合第二代高通量测序，对富集到的mRNA片段进行测序，从而检测全转录组范围内的甲基化位点。