细胞凋亡发生时，染色体DNA以核小体为单位发生降解，细胞核浓缩，碎裂的核物质被胞膜包裹游离出细胞外，成为凋亡小体。这些特征性变化可以通过显微镜直接观察，或用某些荧光染料染色后，在荧光显微镜下观察，或进行流式细胞分析。然而这些特征通常难以与坏死细胞进行准确区分。

凋亡早期阶段，细胞膜虽然能够维持结构的完整，但丧失了其磷脂分子分布的非对称性，导致细胞膜内侧的磷脂酰丝氨酸（phosphatidylserine, PS）翻转到细胞膜外侧，使凋亡细胞易被吞噬细胞识别。通过对膜上的磷脂酰丝氨酸进行染色即可区分正常细胞与凋亡细胞，再进一步对核进行染色，由于有完整结构的膜屏障，凋亡细胞的核无法被染色，而坏死细胞可以被染色，这样就准确地区分了凋亡细胞和坏死细胞。细胞凋亡时，伴随一系列蛋白酶学的改变，多种Caspase活性变化参与凋亡的启动、执行过程。检测Caspase活性变化，是分析凋亡发生机制和特征的另一方法。某些情况下，凋亡细胞不具有全部的凋亡特征，例如特征性的DNA片段化不明显，而出现DNA随机降解；有时Caspase活性的改变与凋亡不相关，即凋亡时Caspase活性不变，而Caspase活性变化但无凋亡发生。总的来说，观察凋亡时，应该观察反映凋亡不同特征的几个指标，综合分析。

GenStar公司提供四种适合于荧光显微镜和流式细胞分析的凋亡检测试剂盒，分别针对细胞凋亡的不同特征性指标，操作简单快速，稳定可靠。StarGlow Annexin V-FITC Apoptosis Detection Kit（Cat. No. C203-01，02）和StarGlow Annexin V-EGFPApoptosis Detection Kit（Cat. No. C201-01）检测暴露在胞膜外的PS和凋亡细胞特征性核形态改变，灵敏度高、特异性强。StarGlow Fluorescent Staining Apoptosis Detection Kit（Cat. No. C202-01）通过对染色体DNA直接染色区分不同的细胞状态，操作简便快速、价格低廉，但特异性稍差。StarGlow One-step TUNEL Kit（Cat.No. C204-01）针对凋亡细胞特征性DNA片段化现象，灵敏度高、特异性好、适用范围广。建议将2~3种上述试剂盒结合使用，同时检测同一样品的不同指标，便于对凋亡进行客观评价。